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Fixed the # of moves for add(EpochHistory); added the stats file so the results are published to the repo

logs/vagabond.stats.csv

+Date Time,Test Name,Machines,Clients,Slots,Max VMs/Client,Min VMs/Client,Placement,Total VMs,MigBudget,% Filled,Total Slots,Window,Seed,# Epochs,Reduction,Objective,Avg Epoch Time(ms),Initial TIL,Final TIL,Initial MCCIL,Final MCCIL,TIL Gain,MCCIL Gain,TIL Epochs Changed,MCCIL Epochs Changed,List of Epoch Times,Distribution of initial CCIL,Distribution of final CCIL,List TIL,List MCCIL,List of # Moves per Epoch,Last Epoch with Move,Total Test Time(ms),Comments
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+55:12.2,NomadSimple,4,5,3,2,2,Random_11,10,3,0.833333333,12,5,11,10,ilp,Sum CCIL,32,16,12,2,2,4,0,3,0,164;36;16;15;14;21;15;14;14;15,0=8;1=8;2=4,0=14;1=0;2=6,16;12;8;12;12;12;12;12;12;12;12,2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,332,Testing Nomads Complete Placement History and the Stats manager
+55:39.7,NomadSimple,4,5,3,2,2,Random_11,10,3,0.833333333,12,5,11,10,cnf,Sum CCIL,2769,16,8,2,2,8,0,1,0,2890;2677;2730;2784;2724;2863;2658;2674;2837;2857,0=8;1=8;2=4,0=16;1=0;2=4,16;8;8;8;8;8;8;8;8;8;8,2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,27701,Testing Nomads Complete Placement History and the Stats manager
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+59:07.8,NomadSimple,4,5,3,2,2,Random_11,10,3,0.833333333,12,5,11,10,nomad,Max CCIL,234,16,8,2,2,8,0,2,0,234,0=8;1=8;2=4,0=16;1=0;2=4,16;12;8;8;8;8;8;8;8;8;8,2;2;2;2;2;2;2;2;2;2;2,0;1;0;0;0;0;0;0;0;0,2,241,Testing Nomads Complete Placement History and the Stats manager
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+38:06.3,equalSpreadHalf8_MB-1,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,-1,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,5507,96,0,8,0,96,8,1,1,5855;5836;5812;5630;5559;5187;5378;5416;5199;5200,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=12,96;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,8;0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,55081,
+45:15.0,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,41014,96,2,8,1,94,7,10,10,298808;57640;8786;6391;6886;6124;5635;7114;6741;6022,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=10;1=2,96;86;68;44;28;2;4;4;4;4;2,8;8;6;5;7;1;1;1;1;2;1,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,410153,plingeling -t 4
+54:43.6,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,49622,96,64,8,12,32,-4,9,10,362119;77958;8500;6898;6997;7009;6974;6571;6216;6981,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=2;1=2;2=0;3=0;4=0;5=0;6=4;7=2;8=0;9=0;10=0;11=0;12=2,96;88;76;64;58;56;60;60;66;64;64,8;8;10;9;7;9;8;8;9;11;12,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,496229,plingeling -t 8
+04:19.2,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,43459,96,64,8,15,32,-7,10,9,302461;75987;11272;6230;5817;6631;6287;6654;6715;6545,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=2;1=0;2=0;3=4;4=2;5=0;6=0;7=2;8=0;9=0;10=0;11=0;12=0;13=0;14=0;15=2,96;92;64;42;26;42;46;64;58;76;64,8;8;7;6;5;9;8;16;9;15;15,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,434604,plingeling -t 4
+2016/05/23 01:13:10.318-0400,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,76468,96,48,8,12,48,-4,10,10,423808;244481;38978;13649;7370;7432;7637;6935;6517;7881,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=4;1=0;2=2;3=0;4=0;5=4;6=0;7=0;8=0;9=0;10=0;11=0;12=2,96;96;82;60;42;8;2;10;16;30;48,8;8;7;6;5;1;1;5;5;7;12,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,764693,plingeling -t 8
+2016/05/23 01:27:18.865-0400,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,48527,96,58,8,10,38,-2,10,10,361357;70462;10463;6164;6121;6259;6429;6033;5978;6013,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=2;1=0;2=4;3=0;4=0;5=2;6=0;7=0;8=0;9=0;10=4,96;88;78;50;38;60;62;60;76;70;58,8;8;8;6;7;9;13;12;14;12;10,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,485286,lingeling
+2016/05/23 01:44:01.132-0400,equalSpreadHalf8,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,cnf,Max CCIL,48387,96,58,8,10,38,-2,10,10,353401;70391;10751;6375;7150;7178;7515;7238;6951;6929,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=2;1=0;2=4;3=0;4=0;5=2;6=0;7=0;8=0;9=0;10=4,96;88;78;50;38;60;62;60;76;70;58,8;8;8;6;7;9;13;12;14;12;10,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,483886,lingeling
+2016/05/23 02:08:04.626-0400,equalSpreadHalf8_sum,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,ilp,Sum CCIL,3415,96,0,8,0,96,8,5,5,26469;4566;1159;855;228;222;236;170;209;41,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=12,96;82;54;32;8;0;0;0;0;0;0,8;9;9;8;4;0;0;0;0;0;0,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,34165,testing # moves
+2016/05/23 02:13:17.575-0400,equalSpreadHalf8_sum,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,ilp,Sum CCIL,3472,96,0,8,0,96,8,5,5,26894;4566;1182;918;265;243;232;173;218;38,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=12,96;82;54;32;8;0;0;0;0;0;0,8;9;9;8;4;0;0;0;0;0;0,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,34738,testing # moves
+2016/05/23 02:14:47.940-0400,equalSpreadHalf8_sum,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,ilp,Sum CCIL,3450,96,0,8,0,96,8,5,5,26726;4582;1208;868;228;217;231;172;228;40,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=12,96;82;54;32;8;0;0;0;0;0;0,8;9;9;8;4;0;0;0;0;0;0,0;0;0;0;0;0;0;0;0;0,0,34508,testing # moves
+2016/05/23 02:17:05.729-0400,equalSpreadHalf8_sum,8,4,8,8,8,EqualSpreadHalf_8,32,5,0.5,64,5,10,10,ilp,Sum CCIL,3406,96,0,8,0,96,8,5,5,26411;4518;1163;863;229;222;234;171;218;37,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=0;7=0;8=12,0=12,96;82;54;32;8;0;0;0;0;0;0,8;9;9;8;4;0;0;0;0;0;0,5;5;5;5;5;5;5;5;5;5,10,34073,testing # moves
+2016/05/23 02:37:24.311-0400,equalSpreadHalf6_sum,6,3,6,6,6,EqualSpreadHalf_6,18,5,0.5,36,5,10,10,cnf,Sum CCIL,7230,36,0,6,0,36,6,3,3,61216;2344;2141;1895;1953;1397;623;244;240;248,0=0;1=0;2=0;3=0;4=0;5=0;6=6,0=6,36;22;4;0;0;0;0;0;0;0;0,6;7;2;0;0;0;0;0;0;0;0,5;5;4;5;5;5;4;4;5;2,10,72308,testing # moves

src/vagabond/VagabondInstance.java

@@ -37,7 +37,7 @@ import vagabond.timing.TimingManager;
  *
  */
 public class VagabondInstance {
-    private static final String VERSION = "v0.0.1";
+    private static final String VERSION = "v1.0.1";
     private static final String AUTHORS = "Jonathan Shahen <jmshahen@uwaterloo.ca>";
     // Logger Fields
     public static Logger logger = null;

src/vagabond/pieces/EpochHistory.java

@@ -53,10 +53,11 @@ public class EpochHistory {
          */
         if (_latestPlacementMap != null) {
             _latestNumberOfMoves = _latestPlacementMap.countNumberOfMoves(placementMap);
+            System.out.println("Number of Moves: " + _latestNumberOfMoves);
         } else {
             _latestNumberOfMoves = 0;
+            System.out.println("[NULL] Number of Moves: " + _latestNumberOfMoves);
         }
-        System.out.println("Number of Moves: " + _latestNumberOfMoves);
         // System.out.println("_latest: " + _latestPlacementMap);
         // System.out.println("placementMap: " + placementMap);
 
@@ -110,6 +111,18 @@ public class EpochHistory {
                     " to add from this EpochHistory object: " + epochHistory);
         }
 
+        /**
+         * MUST DO THIS BEFORE add(ClientToClientInformationLeakage)
+         */
+        if (_latestPlacementMap != null && epochHistory.size() == 1) {
+            _latestNumberOfMoves = _latestPlacementMap.countNumberOfMoves(epochHistory._latestPlacementMap);
+            System.out.println("Number of Moves: " + _latestNumberOfMoves);
+        } else {
+            _latestNumberOfMoves = epochHistory._latestNumberOfMoves;
+            System.out.println(
+                    "[COPY] Number of Moves: " + _latestNumberOfMoves + "; epochHistory.size()=" + epochHistory.size());
+        }
+
         // Add each ClientToClientInformationLeakage, but in reverse order to store it the same way in this EpochHistory
         for (int i = epochHistory.size() - 1; i >= 0; i--) {
             add(epochHistory.get(i));

src/vagabond/reduction/cnfsat/RunSolverCNFSAT.java

@@ -24,6 +24,7 @@ public class RunSolverCNFSAT implements RunSolver {
     String cnfloc;// OLD VALUE = new String("/home/tripunit/Desktop/instance.cnf");
     ReduceToCNFSAT _r = null;
     int EACH_DECISION_INSTANCE_TIMEOUT = -1; // Seconds. -1 means infinity
+    private String commands = "";// "-t 8 ";
 
     public RunSolverCNFSAT() throws IOException {
         settings = VagabondSettings.getInstance();
@@ -136,7 +137,6 @@ public class RunSolverCNFSAT implements RunSolver {
                     + StringUtils.leftPad(mid + "", (int) Math.floor(Math.log10(hi)) + 1, "0");
             /*TIMING*/ timing.toggleTimer(tp + "RunSolverCNFSAT::run::binarySearch::loopVal::" + searchVal);
             // System.out.println("mid = "+mid); System.out.flush();
-            logger.info("[CNF Solver] Binary Search mid = " + mid + "; high=" + hi + "; low=" + lo);
             try {
                 constraintInfoLeakUb(c, le, band, s, nclientpairs, mid, wirestoand, orignoutputs);
 
@@ -146,13 +146,17 @@ public class RunSolverCNFSAT implements RunSolver {
                 /*TIMING*/ timing.toggleTimer(tp + "RunSolverCNFSAT::run::binarySearch::cnfSatToFile::" + searchVal);
 
                 /*TIMING*/ timing.toggleTimer(tp + "RunSolverCNFSAT::run::binarySearch::exec::" + searchVal);
-                Process p = Runtime.getRuntime().exec(solverloc + " " + cnfloc);
+                Process p = Runtime.getRuntime().exec(solverloc + " " + commands + cnfloc);
 
                 // Activate the following 'if,' if we want to put in a time-limit for every decision instance.
                 if (mid < hi && EACH_DECISION_INSTANCE_TIMEOUT > 0
                         && !p.waitFor(EACH_DECISION_INSTANCE_TIMEOUT, TimeUnit.SECONDS)) {
                     // Treat this as unsat
                     p.destroyForcibly();
+
+                    logger.info("[CNF Solver " + tp + "] Binary Search TIMOUT for: mid = " + mid + "; high=" + hi
+                            + "; low=" + lo);
+
                     lo = mid + 1;
                     /*TIMING*/ timing.toggleTimer(tp + "RunSolverCNFSAT::run::binarySearch::exec::" + searchVal);
                     continue;
@@ -182,9 +186,13 @@ public class RunSolverCNFSAT implements RunSolver {
                 p.destroyForcibly();
                 /*TIMING*/ timing.toggleTimer(tp + "RunSolverCNFSAT::run::binarySearch::exec::" + searchVal);
 
-                if (!recordlines)
+                if (!recordlines) {
+                    logger.info("[CNF Solver " + tp +
+                            "] Binary Search UNSAT for: mid = " + mid + "; high=" + hi + "; low=" + lo);
                     lo = mid + 1; // unsat
-                else {
+                } else {
+                    logger.info("[CNF Solver " + tp +
+                            "] Binary Search SAT for: mid = " + mid + "; high=" + hi + "; low=" + lo);
                     cnfcert = lines;
                     hi = mid - 1;
                 }

src/vagabond/reduction/nomad/ReduceToNomad.java

@@ -62,7 +62,7 @@ public class ReduceToNomad implements ReduceTo {
 
         /*TIMING*/timing.toggleTimer(tp + "ReduceToNomad::reduce::writeSettingsFile");
         FileWriter fws = new FileWriter(nomadSettings);
-        fws.write("Generated by Vagabond: " + settings.df.format(new Date()) + "\n");
+        fws.write("Generated by Vagabond: " + VagabondSettings.df.format(new Date()) + "\n");
         if (settings.migrationBudget != -1) {
             fws.write("BUDGET=" + Precision.round(calculateMigrationPercentage(place, settings.migrationBudget), 3)
                     + "\n");
@@ -83,7 +83,7 @@ public class ReduceToNomad implements ReduceTo {
         fws.write("PlacementMap=" + nomadPlacement.getName() + "\n");
         fws.write("\n# You can ignore the lines below\n");
         if (settings.randomSeed == -1) {
-            fws.write("SEED=10\n");
+            fws.write("SEED=10000\n");
         } else {
             fws.write("SEED=" + settings.randomSeed + "\n");
         }

src/vagabond/results/GraphCUI.java

+package vagabond.results;
+
+import java.io.*;
+import java.util.*;
+
+import org.apache.commons.cli.Options;
+
+public class GraphCUI {
+    public static String previousCommandFilename = "GraphCUIPreviousCommand.txt";
+    public static String previousCmd;
+
+    /**
+     * The main program, run this and get a Console User Interface. All arguments are ignored. 
+     * @param args Ignored!
+     */
+    public static void main(String[] args) {
+        GraphingInstance inst = new GraphingInstance();
+        ArrayList<String> argv = new ArrayList<String>();
+        String cmd = "";
+        Scanner user_input = new Scanner(System.in);
+
+        Options options = new Options();
+        inst.setupOptions(options);
+        inst.printHelp(options, 120);
+
+        printCommonCommands();
+
+        System.out.print("Enter Commandline Argument ('!e' to run): ");
+        String quotedStr = "";
+        StringBuilder fullCommand = new StringBuilder();
+        while (true) {
+            cmd = user_input.next();
+            fullCommand.append(cmd + " ");
+
+            if (quotedStr.isEmpty() && cmd.startsWith("\"")) {
+                System.out.println("Starting: " + cmd);
+                quotedStr = cmd.substring(1);
+                continue;
+            }
+            if (!quotedStr.isEmpty() && cmd.endsWith("\"")) {
+                System.out.println("Ending: " + cmd);
+                argv.add(quotedStr + " " + cmd.substring(0, cmd.length() - 1));
+                quotedStr = "";
+                continue;
+            }
+
+            if (!quotedStr.isEmpty()) {
+                quotedStr = quotedStr + " " + cmd;
+                continue;
+            }
+
+            if (cmd.equals("!e")) {
+                break;
+            }
+
+            if (cmd.equals("!p")) {
+                argv.clear();
+                argv.addAll(Arrays.asList(previousCmd.split(" ")));
+                break;
+            }
+
+            argv.add(cmd);
+        }
+        user_input.close();
+
+        System.out.println("Commands: " + argv);
+
+        try {
+            if (!cmd.equals("!p")) {
+                FileWriter fw;
+                fw = new FileWriter(previousCommandFilename, false);
+                fw.write(fullCommand.toString());
+                fw.close();
+            }
+        } catch (IOException e) {
+            System.out.println("[ERROR] Unable to write out previous command to: " + previousCommandFilename);
+        }
+
+        inst.run(argv.toArray(new String[0]));
+    }
+
+    /**
+     * Prints out a list of common commands that the developer thought would be convenient to copy and 
+     * paste instead of typing.
+     */
+    public static void printCommonCommands() {
+        System.out.println("\n\n--- Common Commands ---");
+
+        System.out.println("-loglevel verbose -settings tests/simpletestILP-Random.properties !e");
+        System.out.println("-loglevel verbose -settings tests/simpletestILP-NomadSubOptimal.properties !e");
+        System.out.println("-loglevel verbose -settings tests/equalSpread_10.properties !e");
+        System.out.println("");
+        try {
+            BufferedReader bfr = new BufferedReader(new FileReader(previousCommandFilename));
+            previousCmd = bfr.readLine();
+            bfr.close();
+            System.out.println("Previous Command ('!prev' to use the previous command): " + previousCmd);
+        } catch (IOException e) {
+            System.out.println("[ERROR] Unable to load previous command!");
+        }
+    }
+}

src/vagabond/results/GraphingInstance.java

+package vagabond.results;
+
+import java.io.*;
+import java.util.logging.Level;
+import java.util.logging.Logger;
+
+import org.apache.commons.cli.*;
+import org.apache.commons.lang3.StringUtils;
+
+import vagabond.VagabondOptionString;
+import vagabond.helper.ErrorPrinter;
+import vagabond.logging.CSVFileFormatter;
+import vagabond.singleton.VagabondSettings;
+
+public class GraphingInstance {
+    private static final String VERSION = "v0.0.1";
+    private static final String AUTHORS = "Jonathan Shahen <jmshahen@uwaterloo.ca>";
+    // Logger Fields
+    public static Logger logger = null;
+    private VagabondSettings settings = VagabondSettings.getInstance();
+
+    public int run(String[] args) {
+        try {
+            CommandLine cmd = init(args);
+
+            // Check to see if the commandline options have been satisfied
+            if (cmd == null) { return 0; }
+
+        } catch (Exception e) {
+            ErrorPrinter ep = new ErrorPrinter(e);
+            if (logger != null) {
+                logger.severe(ep.toString());
+            } else {
+                System.out.println(ep.toString());
+            }
+
+            // Gracefully shutdown
+            settings.shutdown();
+            System.exit(-1);
+        }
+
+        return 0;
+    }
+
+    @SuppressWarnings("static-access")
+    public void setupOptions(Options options) {
+        // Add Information Options
+        options.addOption(VagabondOptionString.HELP.toString(), false, "Print this message");
+        options.addOption(VagabondOptionString.AUTHORS.toString(), false, "Prints the authors");
+        options.addOption(VagabondOptionString.VERSION.toString(), false,
+                "Prints the version (" + VERSION + ") information");
+        options.addOption(VagabondOptionString.CHECKMINISAT.toString(), false,
+                "Checks that MiniSAT is on the system and displays which version is installed");
+
+        // Add Logging Level Options
+        options.addOption(OptionBuilder.withArgName("quiet|debug|verbose")
+                .withDescription("quiet - Be extra quiet only errors are shown;\n"
+                        + "verbose - extra information is given for Verbose;\n"
+                        + "debug - Show debugging information;\n"
+                        + "Default is between debug and verbose level")
+                .hasArg().create(VagabondOptionString.LOGLEVEL.toString()));
+        options.addOption(OptionBuilder.withArgName("logfile|'n'|'u'")
+                .withDescription("The filepath where the log file should be created;\n"
+                        + "No file will be created when equal to 'n';\n"
+                        + "A unique filename will be created when equal to 'u';\n"
+                        + "default it creates a log called '" + settings.logFile + "'")
+                .hasArg().create(VagabondOptionString.LOGFILE.toString()));
+        options.addOption(OptionBuilder.withArgName("folder path")
+                .withDescription("The path to the location that the logs should be placed, "
+                        + "default it puts the logs in the folder '" + settings.logFolder + "'")
+                .hasArg().create(VagabondOptionString.LOGFOLDER.toString()));
+
+        options.addOption(VagabondOptionString.NOHEADER.toString(), false,
+                "Does not write the CSV file header to the output log");
+
+        options.addOption(VagabondOptionString.NOPLACEMENTMAPS.toString(), false,
+                "Does not write placement maps to the output log");
+
+        options.addOption(
+                OptionBuilder.withArgName("csvfile").withDescription("The file where the result should be stored")
+                        .hasArg().create(VagabondOptionString.RESULTSFILE.toString()));
+
+        // custom Console Logging Options
+        options.addOption(
+                OptionBuilder.withArgName("num").withDescription("The maximum width of the console (default 120)")
+                        .hasArg().create(VagabondOptionString.MAXW.toString()));
+        options.addOption(OptionBuilder.withArgName("string")
+                .withDescription("The new line string when wrapping a long line (default '\\n    ')").hasArg()
+                .create(VagabondOptionString.LINESTR.toString()));
+
+        // Settings File
+        options.addOption(
+                OptionBuilder.withArgName("file").withDescription("The file where the settings are stored, requires: " +
+                        VagabondOptionString.getRequiredControlSettings().toString())
+                        .hasArg().create(VagabondOptionString.SETTINGSFILE.toString()));
+    }
+
+    private CommandLine init(String[] args) throws Exception {
+        Options options = new Options();
+        setupOptions(options);
+
+        try {
+            CommandLineParser cmdParser = new BasicParser();
+            CommandLine cmd = cmdParser.parse(options, args);
+
+            setupLoggerOptions(cmd, options);
+
+            if (setupReturnImmediatelyOptions(cmd, options)) { return null; }
+
+            setupInputSettings(cmd);
+
+            return cmd;
+        } catch (UnrecognizedOptionException e) {
+            ErrorPrinter ep = new ErrorPrinter(e);
+            System.out.println(ep.toString());
+
+            printHelp(options, 80);
+        }
+
+        return null;
+    }
+
+    private void setupInputSettings(CommandLine cmd) throws IOException {
+        if (!cmd.hasOption(VagabondOptionString.SETTINGSFILE.toString())) {
+            logger.severe("Must provide a settings file!");
+
+            settings.shutdown();
+            System.exit(-1);
+            // System.out.println("Do I get run here?");
+        }
+    }
+
+    public Level getLoggerLevel() {
+        return settings.logLevel;
+    }
+
+    public void setLoggerLevel(Level loggerLevel) {
+        settings.logLevel = loggerLevel;
+    }
+
+    public void setupLoggerOptions(CommandLine cmd, Options options) throws SecurityException, IOException {
+        // Logging Level
+        setLoggerLevel(Level.FINE);// Default Level
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.LOGLEVEL.toString())) {
+            String loglevel = cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.LOGLEVEL.toString());
+            if (loglevel.equalsIgnoreCase("quiet")) {
+                setLoggerLevel(Level.WARNING);
+                settings.displayPlacementMapEveryEpoch = false;
+            } else if (loglevel.equalsIgnoreCase("debug")) {
+                setLoggerLevel(Level.FINEST);
+                settings.displayPlacementMapEveryEpoch = true;
+            } else if (loglevel.equalsIgnoreCase("verbose")) {
+                setLoggerLevel(Level.INFO);
+                settings.displayPlacementMapEveryEpoch = true;
+            }
+        }
+
+        // Add CSV File Headers
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.NOHEADER.toString())) {
+            settings.WriteCSVFileHeader = false;
+        }
+
+        // Override the Log Level specific options if this commandline parameter is present
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.NOPLACEMENTMAPS.toString())) {
+            settings.displayPlacementMapEveryEpoch = false;
+        }
+
+        // Set Logger Folder
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.LOGFOLDER.toString())) {
+            settings.logFolder = cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.LOGFOLDER.toString());
+        }
+
+        // Set File Logger
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.LOGFILE.toString())) {
+            // Check if no log file was requested
+            if (cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.LOGFILE.toString()).equals("n")) {
+                // Create no log file
+                settings.logFile = "";
+            } else if (cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.LOGFILE.toString()).equals("u")) {
+                // Create a unique log file
+                settings.logFile = "mohawk-log.%u.%g.txt";
+            } else {
+                try {
+                    // Create a log file with a specific name
+                    File logfile = new File(
+                            settings.logFolder + File.separator
+                                    + cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.LOGFILE.toString()));
+
+                    if (!logfile.exists()) {
+                        logfile.createNewFile();
+                    }
+                    settings.logFile = logfile.getAbsolutePath();
+
+                    if (settings.WriteCSVFileHeader) {
+                        FileOutputStream writer = new FileOutputStream(logfile, true);// Always append!
+                        writer.write(CSVFileFormatter.csvHeaders().getBytes());
+                        writer.flush();
+                        writer.close();
+                    }
+
+                } catch (IOException e) {
+                    ErrorPrinter ep = new ErrorPrinter(e);
+                    logger.severe(ep.toString());
+                    return;
+                }
+            }
+        }
+
+        // Calls setupLogger() in settings
+        logger = settings.getLogger();
+    }
+
+    private Boolean setupReturnImmediatelyOptions(CommandLine cmd, Options options) throws Exception {
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.HELP.toString()) == true || cmd.getOptions().length == 0) {
+            printHelp(cmd, options);
+            return true;
+        }
+
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.VERSION.toString())) {
+            // keep it as simple as possible for the version
+            System.out.println(VERSION);
+            return true;
+        }
+
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.AUTHORS.toString())) {
+            // keep it as simple as possible for the version
+            System.out.println(AUTHORS);
+            return true;
+        }
+
+        return false;
+    }
+
+    public void printHelp(CommandLine cmd, Options options) throws Exception {
+        if (cmd.hasOption(VagabondOptionString.MAXW.toString())) {
+            try {
+                Integer maxw = Integer.decode(cmd.getOptionValue(VagabondOptionString.MAXW.toString()));
+                printHelp(options, maxw);
+            } catch (Exception e) {
+                printHelp(options, 80);
+
+                e.printStackTrace();
+                throw new Exception("An error occured when trying to print out the help options!");
+            }
+        } else {
+            printHelp(options, 80);
+        }
+    }
+
+    public void printHelp(Options options, int maxw) {
+        HelpFormatter f = new HelpFormatter();
+        f.printHelp(maxw, "vagabond",
+                StringUtils.repeat("-", maxw) + "\nAuthors: " + AUTHORS + "\n" + StringUtils.repeat("-", 20), options,
+                StringUtils.repeat("-", maxw), true);
+    }
+}

src/vagabond/singleton/VagabondSettings.java

@@ -126,7 +126,7 @@ public class VagabondSettings {
      * Filename of the CNF Solver executable for Windows; 
      * Automatically changes this if you are on Linux/Mac to the binary compiled for that system.
      */
-    public String cnfSolverProgram_Win = "plingeling.exe";
+    public String cnfSolverProgram_Win = "lingeling.exe";
     /**
      * Filename of the CNF Solver executable for Linux; 
      * Automatically changes this if you are on Linux/Mac to the binary compiled for that system.